Los antecedentes de la Facultad de Ciencias Químico-Biológicas se remontan a 1874, con la creación de las carreras de Ensayador, Apartador y Beneficiador de Metales, y de Farmacéutico; ambas profesiones estaban relacionadas estrechamente con la enseñanza de la química dentro del plan educativo del Colegio Rosales. La primera se ofreció desde 1874 hasta principios del siglo XX, y la de Farmacéutico; de 1874 a 1915; su principal campo de acción era la preparación de fórmulas farmacéuticas y el análisis clínico. A finales de 1915, la carrera de Farmacéutico fue reformada y recibió la denominación de Químico-Farmacéutico, asimilando las más recientes teorías químicas en las cátedras impartidas, sobre todo en el área de la química médica. En 1942, la carrera adoptó su nombre actual.

En 1961 se fundó la carrera de Químico, pero no contó con la aceptación esperada y debió cambiar sus planes y programas de estudio, originando en 1967 la profesión de Químico-Industrial, la cual, a su vez, al no satisfacer los requerimientos de la planta productiva regional y presentar fallas en su diseño y estructuración, tuvo que desaparecer en 1971 para dar lugar a la ahora llamada Ingeniería Bioquímica, erigida sobre el plan anterior con cambios que la orientaban hacia la pujante agroindustria sinaloense, principalmente la tecnología de alimentos. La carrera de Ingeniero Químico fue establecida en 1962 con el objeto de formar los recursos humanos que contribuirían a resolver algunas de las necesidades tecnológicas y de industrialización regional. Las tres carreras de nivel licenciatura con que actualmente cuenta la facultad fueron sometidas a una minuciosa evaluación curricular en el periodo 1986-1990, a fin de cumplir cabalmente con las demandas de los sectores productivos y sociales. La investigación y el posgrado datan de años recientes: de 1980 en adelante, con proyectos de envasado de alimentos, calidad de productos lácteos, incidencia de enfermedades parasitarias, entre otros.

En la actualidad, las áreas de investigación se han enriquecido con nuevas propuestas de trabajo en problemas de salud pública (contaminación y epidemiología) y tecnología de alimentos. Por su parte, el posgrado tiene un antecedente cercano: la creación de la Especialidad en Bioquímica, en 1986. Poco después, en 1991, se inició la Maestría en Ciencia y Tecnología de Alimentos, primera de la Universidad en ser reconocida como de excelencia por Conacyt; mismo, que ha seguido conservando en sus siguientes reediciones. Algo de suma relevancia para la escuela es que en octubre de 1995 se eleva al rango de facultad. Actualmente, se trabaja en el Doctorado de Biotecnología que inició su operación en el ciclo escolar 1996 y que en la actualidad se encuentra trabajando en su segunda generación. Es importante destacar, que este proyecto es producto de un convenio interinstitucional entre las universidades de Occidente, Baja California Sur, Sinaloa y del Instituto Tecnológico de Sonora.